Holding'den ayrılığına ilişkin yazılı bir açıklama yapan Paksoy, 2006 yılı başında Ambalaj Grubu Başkanı olarak katıldığı Yıldız Holding’de Ambalaj, Bilişim ve Gayrimenkul Grupları’nda, şirketlerin yönetim kurulu üyeliği ve grup başkanlığının yanı sıra, bir süre Holding İcra Kurulu Üyeliği yaptığını, bu sürede Yıldız Holding’in gıda dışı sektörlerdeki şirketlerinin yapılanmasında görevler üstlendiğini belirtti.
Görev süresi içerisinde Ambalaj Grubu’nda, Tire Kutsan-Mondi birleşmesi, Rotopaş ve Nuroll satın alması ve Polmak’ın kurulduğunu belirten Paksoy, Bilişim Grubu’nda ise 14 farklı bilişim şirketinin donanım, yazılım, dağıtım ve telekomünikasyona odaklanan 4 şirket altında toplanarak Bilişim Grubu’nun oluşturulduğunu kaydetti. Teknoloji dağıtımında ise Mersa Sistem ile Penta arasında sağlanan ortaklık ve birleşmenin yanı sıra, Exper’in kişisel bilgisayar konusunda yeni bir şirket olarak kurulması gibi gelişmelerin yaşandığına işaret eden Paksoy, açıklamasını, "Yıldız Holding Yönetim Kurulu Başkanı Sayın Murat Ülker’e de görev sürem boyunca verdiği destekten dolayı teşekkür ederim" sözleriyle tamamladı.