Haliç’te kamuoyunda Haliçport olarak bilinen "Haliç Yat Limanı ve Kompleksi Projesi"nin başlanması için gün sayılırken boşaltılan tersaneler "ölüm" sessizliğine büründü.
Denizcilikteki gelişmeyle birlikte bu bölge inşa tezgahları, havuzlar, depolar, kışlalar ve yelken dikim atölyelerini de içine alan bir kompleks haline geldi. II.Abdülhamid döneminde de tersaneye yeni bir havuz eklendi. . Böylece 150 tona kadar küçük gemilerin tamiri bu yüzer havuzlarda yapılmaya başlandı. Tersane-i Amire 1908 yılından itibaren bir daha eski parlak dönemlerininden uzaklaştı.
Cumhuriyet döneminde Tersane, Türkiye Seyr-i Sefain İdaresi’ne bağlandı. 1952 yılında ise Denizcilik Bankası’na devredildi. Bu dönemde de yeni bazı havuzlar inşa edildi. 1960’lı yıllarda 8 adet çıkarma gemisi inşa etti.
Son senelerde ise tersanede yolcu gemileri, araba vapurları ve feribotlar inşa ediliyordu. Ancak yeni Galataköprüsü inşaatı sırasında gemilerin haliç’e giriş çıkış yapamaması nedeniyle Tersaneler üretim yapamadı ve bu kapanma sürecinin başlangıcı oldu.